1、 决策层 城市政府应针对建立医疗垃圾处理系统设立专门的协调委员会，组成工作班子，成员单位由卫生、环保、环卫、财政等部门共同组成，研究制定医疗垃圾处理规划、建设方案。
2、监督部门 卫生、环保、建设部门为主要的监督管理部门。各部门按照各自的职能做好医疗垃圾处理过程中的疾病防治工作、环境污染防治工作，对具体实施过程进行监督管理。
3、医疗卫生机构产生的污水、传染病人或者疑似传染病人的排泄物，应当按照国家规定严格消毒;达到国家规定排放标准后方可排入污水处理系统。建设部门对以上行为进行监督，对违反规定的医疗卫生机构由建设部门进行处罚。
4、实施部门 坚持以集中处置为主和以焚烧处理为主的技术路线，要通过建立城市或区域性的医疗垃圾集中处理、处置中心，来集中焚烧处理医疗垃圾，确保达标排放。
5、医疗卫生机构负责本单位产生医疗垃圾的收集、消毒、贮存等工作，并根据就近集中处置的原则及时将医疗垃圾交由医疗垃圾集中处置单位处理。
6、建设部门代表政府管理和监督医疗垃圾处理系统。对医疗垃圾的运输、处理等实施活动行使管理的职能。同时要加强对医疗垃圾处理设施建设、工程质量、技术和设备选型进行管理和督察。
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